直擴PCR（Direct PCR）與常規PCR的主要區別體現在樣本處理方式、反應體系設計、應用場景等核心環節，具體差異如下：
一、樣本處理方式
1、?核酸提取需求
常規PCR：必須通過核酸提取純化步驟（如酚氯仿抽提、柱式純化）獲得高質量DNA/RNA模板，否則抑制物（如蛋白質、脂質）會導致擴增失敗。
直擴PCR：無需純化，直接使用裂解液處理樣本（如動物組織、血液）后，裂解產物即可作為模板。
2、?操作流程
常規PCR：需勻漿、消化、純化等步驟，耗時1-2小時。
直擴PCR：僅需裂解（如55℃水浴20分鐘）和滅活（95℃ 5分鐘），全程可縮短至30分鐘內。
???、反應體系設計
1、?酶與緩沖液
常規PCR：使用標準Taq酶，對抑制物敏感。
直擴PCR：采用耐抑制物的熱啟動Taq酶（如翌圣生物Hieff®系列），緩沖液含中和劑以消除樣本中PCR抑制物。
2、?擴增效率
直擴PCR的Master Mix（如2×MG Taq Master Mix）預混電泳緩沖液，擴增后可直接上樣電泳，減少操作步驟。
三、應用場景
應用場景
直擴PCR
常規PCR
適用樣本類型
適用于核酸提取困難或耗時的樣本（如毛發、硬組織、大量臨床樣本快速篩查）。
適用于樣本量少、需高精度擴增的場景（如基因克隆、測序模板制備）。
典型應用領域
動物基因分型、轉基因檢測、病原體快速篩查（如新冠疫情現場檢測）。
基因定性檢測、產物克隆、凝膠電泳分析。
四、時間成本
直擴PCR：由于省去了DNA提取步驟，直擴PCR可以顯著縮短實驗時間，特別適合于快速檢測和初步篩選。
常規PCR：雖然提取DNA的步驟較為耗時，但它能提供更高質量的DNA模板，適用于需要高分辨率和準確性的應用。
五、技術局限性
直擴PCR對高抑制物樣本（如糞便、土壤）可能仍需優化裂解條件?。
常規PCR在長片段擴增（>5kb）或高GC含量模板中仍具優勢。
總之，直擴PCR通過簡化樣本處理步驟，提高了實驗的效率和便捷性，而常規PCR則通過嚴格的樣本純化步驟，保證了實驗的準確性和可靠性。