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Cn3D軟件是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計(jì)的主要目的是為NCBI在其站點(diǎn)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個(gè)窗口，如右圖所示，一個(gè)為結(jié)構(gòu)窗口，另一個(gè)為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，能直接根據(jù)輸入的序列號(hào)從數(shù)據(jù)庫(kù)中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來進(jìn)行觀察，比其他軟件要簡(jiǎn)便