Cn3D軟件是由NCBI開發的用于觀看蛋白質三維結構的軟件，其設計的主要目的是為NCBI在其站點中的蛋白質結構數據庫MMDB提供專業的結構觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個窗口，如右圖所示，一個為結構窗口，另一個為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結構觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網絡連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結構數據庫，能直接根據輸入的序列號從數據庫中利用其內嵌的Entrez搜索引擎調出蛋白結構來進行觀察，比其他軟件要簡便
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