電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。
槽體采用PVC塑料或PP純塑板槽。電泳槽體應由二部分組成；主槽（工作槽），溢流槽（加料槽），另外應配備循環過濾系統級加熱，冷卻及溫控系統，溢流槽的寬度約為主槽的1/6，便于安裝加熱，冷卻管。為了防止涂料沉淀，電泳主槽底部采用斜面設計，電泳主槽的寬度=2*（100-300）+零件的寬度+極板與槽壁的距離。 *2（100-200）——表示兩邊電泳板與零件的*小距離為100-200，對于大平面零件，應大于200mm；電泳槽長度=掛具加零件的總寬度+（50至100mm）*2+溢流槽寬度；（50至100）—表示零件距離底壁50-100mm。
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