PCR鑒定試劑盒的特異性驗證是確保檢測結果準確性的關鍵環(huán)節(jié),主要通過以下方法實現:

一、引物設計:
引物是PCR特異性反應的關鍵,PCR產物的特異性取決于引物與模板DNA互補的程度。理論上,只要知道任何一段模板DNA序列,就能按其設計互補的寡核苷酸鏈做引物,利用PCR就可將模板DNA在體外大量擴增。引物的設計需要避免引物自身形成二聚體,以及兩條引物間的互補,特別是3'端的互補,以避免形成引物二聚體,產生非特異的擴增條帶。
二、實驗驗證:
1、陽性對照:使用已知含有目標序列的樣本作為陽性對照,確保試劑盒能夠正確擴增目標序列。
2、陰性對照:使用不含目標序列的樣本作為陰性對照,確保試劑盒不會出現非特異性擴增。
3、物種特異性:如果目標是特定xijun或病毒,可以使用多種不同種屬的樣本進行實驗,驗證試劑盒對目標種屬的特異性。
4、引物退火溫度優(yōu)化:通過梯度PCR或逐步降低退火溫度,觀察zui佳特異性擴增溫度,確保在該溫度下僅擴增目標序列。
5、瓊脂糖凝膠電泳:擴增后的產物通過瓊脂糖凝膠電泳分析,查看是否有非特異性條帶,理想的凝膠電泳圖譜應只有一條預期大小的條帶。
三、使用zui新基因序列數據庫設計:
采用zui新的基因序列數據庫設計,并通過系統(tǒng)驗證,確保試劑盒能夠檢測所有已知的目標病毒毒株,而對于其他禽類感染因子,檢測結果應為陰性。
四、性能參數優(yōu)化:
1、?閾值調整?:通過TG-ROC分析確定zui佳Ct值閾值,平衡敏感性與特異性。例如,H7N9檢測試劑盒調整閾值后Kappa值從0.28提升至0.85。
2、?空白限測試?:數字PCR需驗證20個陰性樣本的LOB(空白限),確保無假陽性。
五、熔點曲線分析:
利用熒光染料可以指示雙鏈DNA熔點的性質,通過熔點曲線分析可以識別擴增產物。這種方法可以用來評估PCR擴增的特異性。
六、實驗條件優(yōu)化:
包括優(yōu)化buffer,摸索鎂離子濃度或適當加入DMSO,提高退火溫度,增加延伸時間等。這些措施有助于減少非特異性擴增。
七、BLAST檢測:
設計完成之后,需進行BLAST檢測,如果與其他基因不具有互補性,則可以進行下一步實驗。
八、減少循環(huán)次數:
減少循環(huán)次數也可以幫助減少非特異性擴增。