許多因素可以影響PCR的特異性，在此我們作一歸納，供大家參考：
1、退火步驟的嚴格性：提高退火溫度可以減少不匹配的雜交，從而提高特異性。
2、減短退火時間及延伸時間可以減少錯誤引發及錯誤延伸。
3、引物二聚體是常見的副產品，降低引物及酶的濃度也可以減少錯誤引發，尤其是引物的二聚化。
4、改變mgcl2(有時kcl)濃度可以改進特異性，這可能是提高反應嚴格性或者對taq酶的直接作用。
一般認為PCR產物應在48h以內完成電泳檢測，有些好于當日電泳檢測，大于48h后帶型就會出現不規則，甚至消失。