不同點：

一、流動相不同：HPLC為液體流動相，GC為長久性氣體作流動相（通常叫做載氣）
二、進樣器不同：高效液相為平頭進樣針，氣相色譜為尖頭進樣針
三、色譜柱長不同： 
（1）氣相色譜柱通常幾米到幾十米
（氣相色譜由于載氣的相對分析量較低，分子間隙大，故粘度低，流動性好，組分在氣相中流動速度快，因此可以增加柱長，以提高柱效）。
（2）液相色譜柱通常為幾十到幾百毫米
四、分析種類有差異：
氣相色譜分析的對象多為（不適**）：分子質量小于1000，低沸點，易揮發，熱穩定性好的化合物。
液相色譜：更適用于分析高沸點，難揮發，熱穩定性差，分子質量較大（1000 - -2000）的液體化合物。
五：樣品柱前變化不同：氣相色譜的樣品在柱前必須變為氣體（氣化室汽化），而液相色譜的樣品在柱前則無變化。
六、所用檢測器有差異：
液相主要為：紫外檢測器，熒光檢測器、示差折光檢測器.....
氣相色譜主要為：氫火焰離子化檢測器（FID）,熱導檢測器（TCD）,電子捕獲檢測器（ECD）,火焰光度檢測器（FPD）,氮磷檢測器（NPD）.....
相同點：基本原理相同。
都是利用物質在流動相和固定相中的分配系數的差別，從而在兩相間反復多次（1次，甚至更多）的分配，使原來分配系數差別很小的各組分分離開來。

氣相色譜法*早出現于1952年，雖然比液相色譜晚了50年，但現已成為分離科學中較為成熟、使用*普遍、運行*容易的一種分離分析方法。它具有以下幾個特點：
（1）分離效率高，分離速度快，操作簡便。由于氣體粘度小，用其作為流動相時樣品組分在兩相之間可很快進行分配：氣體通過盛有固定相管柱的阻力小，因此分離速度快。一根長1～2m的色譜柱，一般可有幾千個理論塔板，對于長柱，甚至有一百多萬個理論塔板，這樣就可使一些分配系數很接近的、難以分離的物質，經過多次分配平衡，得到分離。
（2）樣品用量少，檢測靈敏度高。由于樣品是在氣態下分離和在氣體中進行檢測的，有許多高靈敏度的檢測器可供使用，雖樣品用量少也能檢測出來。氣相色譜可以檢測出pg級的物質。
（3）選擇性好。可選擇對樣品組分有不同作用力的液體、固體作為固定相，在適當操作溫度下，使組分的分配系數有較大差異，從而將物理、化學性質相近的組分分離開。氣相色譜法既可以應用于分析氣體試樣，也可分析易揮發或可轉化為易揮發的液體和固體，不僅可分析有機物，也可分析部分無機物。
液相色譜和氣相色譜相比較，在以下幾個方面具有優越性：
（1）氣相色譜不適用于不揮發物質和對熱不穩定物質，而液相色譜卻不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制。有些樣品因為難以汽化而不能通過柱子，熱不穩定的物質受熱會發生分解，也不適用于氣相色譜法。這使氣相色譜法的使用范圍受到了限制。據統計，目前氣相色譜法所能分析的有機物，只占全部有機物的15%～20%。另一方面，液相色譜卻不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制。所以液相色譜非常適合于分離生物、醫藥有關的大分子和離子型化合物，不穩定的天然產物，種類繁多的其它高分子及不穩定的化合物。
（2）對于很難分離的樣品，用液相色譜常比用氣相色譜容易完成分離，主要有以下三個方面的原因：
①液相色譜中，由于流動相也影響分離過程，這就對分離的控制和改善提供了額外的因素。而氣相色譜中的載氣一般不影響分配，也就是說，在液相色譜中，有兩個相與樣品分子發生選擇性的相互作用。
②液相色譜中具有獨特效能的柱填料（固定相）的種類較多，這樣就使固定相的選擇余地更大，從而增加了分離的可能性。
③液相色譜使用較低的分離溫度，分子間的相互作用在低溫時更為有效，因此降低溫度一般會提高色譜分離效率。
（3）和氣相色譜相比，液相色譜對樣品的回收比較容易，而且是定量的，樣品的各個組分很容易被分離出來。因此，在很多場合，液相色譜不僅作為一種分析方法，而且可以作為一種分離手段，用以提純和制備具有中等純度的單一物質。在氣相色譜中所分離出的各樣品組分雖也可以回收，但一般都不太方便，而且定量性差。液相色譜法由于具有這些氣相色譜法不具備的優點，因此在許多領域得到廣泛的應用。